ImageJ新技能：划痕实验分析&细胞共定位
作者：互联网
在科研界的江湖中，流传着两大神器——Graphad和 ImageJ，堪称数据图像分析处理的“倚天剑”和“屠龙刀”。确实，它俩一经问世，就翻着花样包装处理着实验结果（原数据及图片），使其从屌丝瞬间逆袭为高富帅，这才能荣登高大上的期刊杂志。现如今，已鲜有软件能夺其锋芒了。
尤其就ImageJ（官网：https://imagej.nih.gov/ij/ , 不受电脑系统限制）这个图像分析大杀器，WB灰度定量、细胞计数等完全不在话下，傻瓜式操作可简单粗暴对图像进行抽丝剥茧般的分析，让实验结果所暗藏的规律清晰明了地呈现你的面前。
然而，这还仅仅只是ImageJ小试牛刀，不少潜能还隐藏在深海之下。最近，ImageJ再次按捺不住一腔热血，剑芒所指，誓要把细胞划痕实验以及细胞共定位收入囊下。各位科研志士们，还不速速习来，为自己苦心撰写论文再添一抹亮色。
细胞划痕实验分析
再说这细胞划痕实验（Wound Healing），它在细胞迁移/肿瘤侵袭方面确是一把好手。
在人为的给铺板的单层细胞划开一个空白无细胞地带后，划痕边缘的细胞便会努力迁移并逐渐覆盖空白区域来使划痕愈合，在一定程度上模拟了体内细胞迁移过程。
因而只需统计划痕面积（Scratch Area）随着时间的变化率以及伤口愈合百分比（Wound healing percentage），即可对细胞的侵袭性了如指掌。
A549划痕实验
ImageJ分析细胞划痕面积
那么如何在ImageJ中实现上图划痕面积和伤口愈合百分比的分析呢？且小编娓娓道来。
细胞共定位
Step1
打开ImageJ软件，其界面如下：
File，Open，选择待分析图片（A549），界面如下：
Step2
增强对比：Process，Enhance Contrast，出现如界面：
勾上Normalize，Saturated pixels：0.3%，点击OK，效果如下：
Process，Smooth（平滑），效果如下：
Process，Find Edges（寻找边缘），效果如下：
Step3
Image，Adjust，Threshold，阈值选定，选中为红色，调节阈值为0—20。点击Apply。
效果如下：
Step4
选择魔棒工具，魔棒工具位于下图右下角：
点击黑色的划痕部分，效果如下：
点击Analyze，Measure，结果如下，划痕面积Area为43328平方像素。根据最开始的划痕面积，跟某一时间愈合的那一部分面积（最开始面积-某时间点的面积）与最初面积的比值即可得到伤口愈合的百分比。
由此我们得到了划痕面积（Scratch Area）随着时间的变化、伤口愈合百分比（Wound healing percentage），进行后续统计分析即可。
Step5
将划痕面积轮廓添加到原图片（见下图），如何实现？
Analyze，Tools，ROI Manager，出现以下界面：
将魔棒选中的ROI添加添加进ROI Manager，点击Add，选择右下方的Show All和Labels。
重新打开A549图片原图，点击Image，Overlay，From ROI Manager，得到如下界面：
PS：关于面积单位，如果不进行标尺校正，得到的长度单位为pixel像素，面积单位为平方像素pixel2。
Step2
上图的左上角可以看见图片的大小为347x236 pixels，即A549图片未进行标尺校正。如何进行标尺校正：
打开一张带有标尺的图片，如下图（标尺见右下角）：
选择直线工具：
沿着标尺画一条直线，如下图：
点击Analyze，Set Scale
点击Click to Remove Scale，在Known distance下填入已知的长度50μm，Unit of length填入对应单位，选择Global为对之后打开的图片都有效，否则只对当前图片有效。
点击OK
此时图片左上角的图片大小长和宽变为了微米，如下图：
若此时再进行面积或长度的计算，单位就是已经校准的单位了。
细胞共定位
Step1
File , Open打开想要分析的两张荧光图片。如下图
Step2
将两幅图片变成图像栈，image， stacks ， images to stack，弹出以下界面：
点击OK,即可通过滚动条在同一个图像栈查看两幅图片。
Step3
选择直线工具：
，在图像栈中的一幅图片中的目标区域画一条直线，我们发现两幅图都会出现相同的直线。
Step4
Analyze菜单下，点击Plot Profile，可弹出一个关于以线起点到终点为距离的X轴以及相应的灰度值的窗口。图像栈中每一幅图片都有对应结果，当滚动滚动条转换不同图片的时候，点击“live”，结果就会弹出来。
图像栈中每幅图对应的距离与灰度值二维的结果图
点击“list”按钮，可以弹出具体X、Y数值的结果窗口，也可以点击“Save”按钮，保存以excel文件的数据。
分别点击“list”，得到相应的X， Y轴数据
点击Save保存excel数据
可以利用excel作图，使图形更加美观（这里没有具体调节图形，只调节个别细节，excel作图不再赘述，见下图）。图中，我们可以看出代表red，blue两种染料有共定位的现象。
excel对结果的作图
标签：ImageJ,划痕,细胞,如下,点击,新技能,图片 来源： https://blog.51cto.com/u_15127638/2777449