干货 | StarBase中​miRNA与其他非编码RNA的互作检索

老实讲，我现在觉得mRNA头上有片大草原......

上期给大家介绍了用starBase研究miRNA与mRNA之间的interaction （点这里可看），这期给大家介绍用它来寻找miRNA与包括lncRNA、circRNA、sncRNA、假基因在内的非编码RNA之间的interaction。

进入网站 http://starbase.sysu.edu.cn/index.php 后，点击方框内的“miRNA-Target”可看到箭头所示的选项，根据你的目标点击，在此需要说明的是：miRNA-lncRNA、miRNA-circRNA、miRNA-pseudogene、miRNA-sncRNA四种类型的interaction检索操作方法是一样的。

以下主要以miRNA-lncRNA为例进行讲解：

左边的条件筛选框使用方法跟上期介绍的一样，在此只提醒大家一个筛选时候的严格度问题。

搜索时，主要是右边的结果展示内容存在差异，主要是因为starBase中miRNA-lncRNA的interaction是使用miRanda进行预测的，也就是只有一个软件的预测结果。

检索结果如下图所示：

点击” ENSG00000226029”，可跳转至如下网站以便于查看具体信息：

点击“LINC01772”，可查看具体结合信息

点击“chr1:16787797-16787817[+]”，可跳转至UCSC查看在基因组上的具体信息：

当使用“miRNA-circRNA”功能时，不同的主要是如下图所示，跳转的目标网站不一样，这个工具真是万能啊啊啊。

跳转后的界面如下：

关于miRNA与非编码RNA的interaction检索方法就到这里了，部分功能使用方法如上期介绍的一样，大家可以翻回去学习，多使用点击几次就熟悉啦，祝大家都能找到好结果！

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来源： https://blog.51cto.com/u_15127638/2775743