如何用ImageJ做出这种酷炫动画

老司机带你解锁ImageJ局部放大动画制作与时间序列图片分析。

ImageJ（https://imagej.nih.gov/ij/ ） 是美国NIH开发的免费开源图像处理软件，在生物、医学领域中得到了广泛的应用。ImageJ功能让人眼花缭乱，有数百个插件可供使用。在以往的推文中我们已经给大家分享了诸多ImageJ的使用技巧，有需要的小伙伴可以去往期查看。

每个人分析图片的目的各异，最近就有人问我是否可以使用ImageJ制作演示局部放大的动画？是否可以实现时间序列图片的分析？今天半夏就给大家分享轻松解决这些问题的实用方法！

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ImageJ制作局部放大动画

2020年4月7日，半夏在网上发现了一个制作局部放大动画宏Zoom Movie Macro，下载地址为：https://bitbucket.org/DrLachie/zoom_movie_imagej_v2b/src/master/ 。

复制Zoom Movie Macro代码后保存于文本文档，将文件命名为zoom_macro。

分析步骤：

1. ImageJ软件File -> Open打开示例荧光图片：

2. File -> Open打开已保存的zoom_macro.txt：

如果直接点击Macros -> Run Macro，此时弹出Macro窗口：No roi selected，说明zoom_macro需要选择需要放大位置的ROI（region of interest，感兴趣区）。

3. 绘制ROI，使用椭圆工具（其他选框工具亦可）绘制图片中需要放大的区域：

点击Macros -> Run Macro进入插件参数设置界面：

（1） How many frames to spend zooming in?设置放大帧数，默认为35帧，帧数越高动画精细程度越好。

（2） Final movie width，最终影片宽度，默认为512，即最终将图像统一大小到512×512。如果想要更好的图像质量，也可行调节。

（3） Add scalebar，添加标尺，需换算出每个Pixel实际代表多少μm。标尺Analyze -> Set Scale进行设置：

设置参数后点击OK得到一个局部放大过程的动画Stack：

因为文稿无法显示局部放大动画实际效果，在此我们制作Montage图来显示动画中的所有帧。方法为Image -> Stack -> Make Montage:

如果选中Label Slices，图片会显示图片的序号，点击OK得到逐渐局部放大的效果如下：

4、File -> Save As…AVI视频格式，就可以方便的获得局部放大的动画：

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ImageJ分析时间序列图片

局部放大动画宏Zoom Movie Macro得到的是一个逐渐放大的时间序列图片，那么ImageJ如何分析时间序列图片？常见的时间序列图片有活细胞工作站或共聚焦显微镜可方便获得实时、原位、动态的时间序列图像或视频，下图是Elife（IF=7.08）中记录时间依赖的钙成像，横坐标是时间纵坐标是钙信号，反映的是不同时间点钙信号的动态变化【1】：

分析步骤：

1、ImageJ软件File -> Open打开Stack图片，该Stack有98张图片：

2、使用ImageJ软件椭圆工具绘制ROI：

Analyze -> Tools -> ROI Manager，点击ROI Manager的Add或者快捷键t添加绘制的ROI：

3. Image -> Stack -> Plot Z-axis Profile，得到不同时间点该ROI中平均灰度值变化情况：

点击List得到具体数据：

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扩展

Time Series Analyzer插件也可以分析时间序列图像，其下载地址为：https://imagej.nih.gov/ij/plugins/time-series.html 。

下载Time_Series_Analyzer.jar后移动文件至ImageJ安装目录的Plugins文件夹中，重启ImageJ即可。

Time Series Analyzer插件使用方法与前述类似，绘制ROI后，打开插件：

得到一致的分析结果：

最后，半夏想给大家谈谈如何学习ImageJ，有以下几点：

（1）掌握基础，多思考，学以致用！

（2）教程与课程也不解决所有问题。

（3）分析图片需要“灵感”，需要灵活运用！

学习ImageJ的最好资源来源于官网，Download处不仅可以下载Mac OS X、Linux、Windows不同操作系统的ImageJ软件，还可以下载学习资源，例如ImageJ User Guide：

下图是ImageJ User Guide与官网自带示例图片：

以前文涉及制作Montage图为例，ImageJ User Guide就有详尽的说明（第88页）：

Plot Z-axis Profile也有相关说明：

通过ImageJ User Guide掌握ImageJ的基础知识后就可以学以致用了。

今天ImageJ绘制局部放大动图与时间序列图像分析就给大家分享到这里了，希望对大家有所帮助！科研不易，大家一起加油。

参考文献：Wen, H., Hubbard, J. M., Rakela, B., Linhoff, M. W., Mandel, G., & Brehm, P. (2013). Synchronous and asynchronous modes of synaptic transmission utilize different calcium sources. ELife, 2. https://doi.org/10.7554/elife.01206

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标签：ImageJ,ROI,动画,酷炫,序列,图片,放大
来源： https://blog.51cto.com/u_15127638/2773768