Brenda to Cytoscape (2,v1.0)
作者:互联网
Intro
Cytoscape是生信常用的图数据表示软件,网络资料如下:
Cytoscape官网
知乎:最新版Cytoscape安装注意事项
知乎:一网打尽:cytoscape详细教程
本机已经安装了JDK,可以参考Java 开发环境配置。
Merge
Youtube上有系列视频:
- Quickstart Tutorial - Basic Expression Analysis (08:38)
- 导入文件
- Table Panel 操作
- Control Panel 操作
- Select(Filter)选项卡:筛选条件
- 选择图显示label
- 根据列表项风格化(continuous)
- 应用layout setting.
- 选择子图:选中多个节点,扩展一步,生成子图
- Hwo to use Cytoscape (1:10:34)
- 搜索基因从数据库导入数据
- 选择最大子图
- 搜索
- 从文件导入数据
- Control Panel
- Tool Panel/Layout Tools > 设置节点的排布方式,Scale,Rotate
- Layout 设置 > yFile Layouts
- network analysis > Results Panel
- Visualize Parameters
一个区别是似乎没有 Visualize Parameters这个功能了,但是在原表格上加上了许多列,统一在Control Panel设置,更加繁琐和灵活。 - Filter > Column, Degree, Topology
- 网络结构分析:degree, clustering coefficient
- 图性质:Small World, Scale Free, Disassortativity, Hubs,
- 根据图性质画表的功能仍需要探究一下
- Batch Analysis
- Apps 可以在网上下载插件
- Cytoscape PPI Network layouts | High quality network Figures for Publication | Bioinformatics
- 为了进行PPI分析,需要安装STRING软件获取对于其数据库的访问。
Target
- 清晰地显示酶的名称,物质的名称以及相互关系(substrate)。
- 以degree来设定节点的大小;
- 通过degree筛选的方式来筛选出约30-50个重要酶与重要物质,图示他们的连接关系。
Mannual
导入ECIs.txt,导入Enzymes.txt和Chemicals.txt作为Table文件。共有节点694个,边2270个。进行Analyze Network。
全图显示
-
风格选择“default”。
-
设置对边的Filter,筛选出Substrate subnetwork。共有节点493个,边1099个。
-
Plot Histogram
以Degree为X坐标。
比较典型的长尾分布。 -
设置node和edge的格式:
对 node 根据 type(chemical, enzyme)进行Fill Color和Shape的设置:
Fill Color: Red 和 绿色
对 node 根据 degree 进行 Height, Width 和 Label Font Size的设置:
Height/Width:Handle Position: (1,2),(10,20),(96,40)
Label Font Size: Handle Position:(1,2),(10,5),(96,10)
调整边的颜色和粗细:
初步效果图:
标签:10,Brenda,degree,Cytoscape,v1.0,导入,节点,Panel 来源: https://blog.csdn.net/qq_37364789/article/details/112509772