[TJOI2017] DNA - 后缀数组,稀疏表
作者:互联网
[TJOI2017] DNA
Description
求模式串与主串的匹配次数,容错不超过三个字符。
Solution
枚举每个开始位置,进行暴力匹配,直到失配次数用光或者匹配成功。考虑到容错量很小,所以每个位置开始的匹配过程中大部分与普通匹配是同样操作,而我们需要的其实就是 LCP 长度,所以预处理出后缀数组和高度数组,建 ST 表支持 RMQ 询问,来加速暴力匹配的过程。时间复杂度 \(O(n \log n)\)
#include <bits/stdc++.h>
using namespace std;
int n,k,l0,m=256,sa[250005],y[250005],u[250005],v[250005],o[250005],r[250005],h[250005],T;
char str[250005];
int lg2[250005];
struct clsst {
int a[250005][21];
void build(int *src,int n) {
for(int i=1;i<=n;i++) a[i][0]=src[i];
for(int i=1;i<=20;i++)
for(int j=1;j<=n-(1<<i)+1;j++)
a[j][i]=min(a[j][i-1],a[j+(1<<(i-1))][i-1]);
}
int query(int l,int r) {
if(l>r) swap(l,r);
int j=lg2[r-l+1];
return min(a[l][j],a[r-(1<<j)+1][j]);
}
} st;
int lcp(clsst *st,int p,int q)
{
if(r[p]>r[q]) swap(p,q);
return st->query(r[p]+1,r[q]);
}
int match(clsst *st,int p,int q)
{
return lcp(st,p,l0+1+q);
}
int matchstr(clsst *st,int p,int q,int x)
{
if(x<0) return 0;
if(q>k-x) return 1;
int step = match(st,p,q);
//cout<<"matchstr "<<p<<" "<<q<<" "<<x<<" "<<step<<endl;
p+=step-1;
q+=step-1;
if(q>=k-x) return 1;
else return matchstr(st,p+2,q+2,x-1);
}
int main(){
for(int i=1;i<=250000;i++) lg2[i]=log2(i);
scanf("%d",&T);
while(T--) {
memset(sa,0,sizeof sa);
memset(y,0,sizeof y);
memset(u,0,sizeof u);
memset(v,0,sizeof v);
memset(o,0,sizeof o);
memset(r,0,sizeof r);
memset(h,0,sizeof h);
memset(str,0,sizeof str);
scanf("%s",str+1);
n=l0=strlen(str+1);
str[n+1]='$';
scanf("%s",str+n+2);
k=strlen(str+n+2);
n+=k+1;
for(int i=1;i<=n;i++) u[str[i]]++;
for(int i=1;i<=m;i++) u[i]+=u[i-1];
for(int i=n;i>=1;i--) sa[u[str[i]]--]=i;
r[sa[1]]=1;
for(int i=2;i<=n;i++) r[sa[i]]=r[sa[i-1]]+(str[sa[i]]!=str[sa[i-1]]);
for(int l=1;r[sa[n]]<n;l<<=1) {
memset(u,0,sizeof u);
memset(v,0,sizeof v);
memcpy(o,r,sizeof r);
for(int i=1;i<=n;i++) u[r[i]]++, v[r[i+l]]++;
for(int i=1;i<=n;i++) u[i]+=u[i-1], v[i]+=v[i-1];
for(int i=n;i>=1;i--) y[v[r[i+l]]--]=i;
for(int i=n;i>=1;i--) sa[u[r[y[i]]]--]=y[i];
r[sa[1]]=1;
for(int i=2;i<=n;i++) r[sa[i]]=r[sa[i-1]]+((o[sa[i]]!=o[sa[i-1]])||(o[sa[i]+l]!=o[sa[i-1]+l]));
}
{
int i,j,k=0;
for(int i=1;i<=n;h[r[i++]]=k)
for(k?k--:0,j=sa[r[i]-1];str[i+k]==str[j+k];k++);
}
memset(st.a,0,sizeof st.a);
st.build(h,n);
int ans = 0;
for(int i=1;i<=l0-k+1;i++)
{
//cout<<"try "<<i<<endl;
int tmp = matchstr(&st,i,1,3);
//if(tmp==1) cout<<i<<endl;
ans += tmp;
}
cout<<ans<<endl;
}
}
标签:DNA,匹配,后缀,st,250005,int,TJOI2017,return,sa 来源: https://www.cnblogs.com/mollnn/p/11770758.html