“atoms are time integrated more than once”警告，常见三种原因及解决办法（原子多次积分）
作者：互联网
摘自：https://mp.weixin.qq.com/s/9AXfK4pttzhwZ3H7U-JIgw （小马老师）
本文介绍lammps in文件编写过程中一个常见的错误：重复积分。
分子动力学模拟的主要运算是原子的积分运算，通过求解积分方程得到原子的受力以及计算原子的速度，从而得出下一时刻原子的位置和状态。
原子的积分体现到代码中就是fix nve/nvt/npt等系综的设置，有些fix命令也自带积分运算，如fix move等命令。
原子不设置系综，就不会参与积分方程的求解，最明显的现象是在模拟过程中，原子是静止的。
但原子也不能设置多个系综，如果设置两个以上的系综，要参与两次积分运算，很明显是错误的。
此时，lammps会给出多重积分设置警告：
常见重复积分设置错误有以下几种：
（1）分层设置系综
有牛顿层、固定层、恒温层等不同层的模拟体系中，分层系综设置不当，容易造成积分设置重复。
如：
以上代码中，all原子组包含mobile原子组，因此，mobile组被设置了nve和nvt两个系综。
（2）分阶段设置，忘记取消上一个系综。
用不同的系综进行分阶段弛豫，在一个弛豫阶段完成进入下一个阶段时，忘记取消上一个系综，同样会造成积分重复。
如:
在npt弛豫后，没有使用unfix 1命令，直接设置fix nvt，会造成npt和nvt同时起作用。
正确的写法为：
（3）使用带有积分功能的命令
上面两种错误相对比较明显，稍微细心一些完全可以避免，但是下面这种情况却不容易发现。
如：
在nvt系综下设置top组沿z轴向下移动，看似正常，但是代码是有问题的。
因为fix move命令自身带有积分功能，top组不能再设置nvt系综，正确的做法是把top组之外的原子设置为mobile组，代码更改为：
只要log文件给出了系综重复设置警告，一定要检查in文件代码，解决掉这个警告，否则计算结果肯定是错误的。
-------------------- End ------------------
标签：nvt,积分,fix,系综,设置,time,原子,atoms,than 来源： https://www.cnblogs.com/sysu/p/16274632.html