不好好作图的NCS(六):这篇NC“奇葩的”的基因功能富集可视化你绝对是第一次见
作者:互联网
之前无意间翻阅文献,看到NC这篇文章。里面有几个图,写的是GO的富集terms,但是却是一个方框里写的。一开始组织的我还以为是用ppt画的,感觉这也太随意了,后来查了一下,发现是我孤陋寡闻了,这种图叫treemap。
treemap在生物学中的应用比较少,像NC中以这种方式的可视化确实是比较新奇的。我们还是可以学学,多一种技能,多一分自信。就算文章中不用,平时的汇报答辩都可以用,展示清楚可读。
要做图首先准备富集分析的文件结果,报告富集terms,gene counts,p-value等等。将文件读入R。这里我们为了展示方便,只选择了少数的terms。
install.packages("treemap")
library(treemap)
setwd("F:/生物信息学/NC_GO_treemap")
a <- read.csv("NC_GO.csv",header = T)
a <- subset(a, Count>60)
接着画图,可以显示富集到的通路,方框大小用gene counts表示,每个框的颜色表示p值得大小(用p值填充)。
treemap(a,
index="Description", #指定分组的列
vSize="Count", #指定面积大小的列
vColor="Padj", #指定颜色深浅的列
type="value", #指定颜色填充数据的类型
fontsize.labels=c(10, 10), #设置标签字体大小
align.labels=list(c("center", "center"), c("left", "top")), #设置标签对齐的方式
border.col="black", #设置边框的颜色
border.lwds=c(2,2)#设置边框的线条的宽度
)
如果不选择以P值填充,颜色也是自动填充。这样做出来的图就与NC这个文章的一模一样了!
treemap(a,
index="Description", #指定分组的列
vSize="Count", #指定面积大小的列
vColor="Padj", #指定颜色深浅的列
fontsize.labels=c(10, 10), #设置标签字体大小
align.labels=list(c("center", "center"), c("left", "top")), #设置标签对齐的方式
border.col="black", #设置边框的颜色
border.lwds=c(2,2),#设置边框的线条的宽度
)
感觉还不错的点赞吧,还等什么呢。你学会了吗?
标签:10,NCS,基因功能,NC,treemap,指定,labels,设置 来源: https://blog.csdn.net/qq_42090739/article/details/122601008