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文献(5): 单细胞转录组揭示人类纤维化皮肤病中成纤维细胞的异质性

作者:互联网

一句话评价:小样本量单细胞转录组在冷门疾病领域应用前景尚可,常规套路也能发NC

1. Title

标题可以看出本研究的主要内容:①构建成纤维细胞的图谱/揭示成纤维细胞的异质性;②找到一群(相对于正常样本)在纤维化皮肤病中含量升高的间充质成纤维细胞

2. Background

  1. 纤维化的特点是成纤维细胞增殖、迁移、侵袭能力增加以及胞外基质 (ECM) 的过度积累,在全球范围内都有较高的发病率和死亡率。 纤维化皮肤病主要是 ECM 在真皮中积累
  2. 纤维化可影响任何器官,导致进行性组织瘢痕形成和器官功能障碍
  3. 迄今为止,纤维化皮肤病的发病机制尚未完全阐明,仍缺乏根治性治疗方法
  4. 尚缺乏关于 scRNA-seq 探索纤维化皮肤病成纤维细胞异质性的研究

——> 所以要做single cell

3. Results
3.1. 单细胞测序揭示正常伤疤和纤维皮肤病瘢痕的(真皮层)细胞异质性

keloid在此处表示瘢痕/“病灶”

都是很常见的图:

3.2 成纤维细胞被分为4群,其中间充质类型的成纤维细胞在疾病组织中增多

不知道大家读到这里有没有跟我一样的困惑:①某个细胞类型和其他细胞类型做对比,②这种细胞内部不同condition做对比,得到的差异基因和通路这么像?!

3.3 疾病组织中,间充质成纤维细胞的特征

(也就是在疾病组织中,将MF和其他成纤维细胞做对比)

3.4 细胞通讯分析

3.5 疾病真皮组织中MF通过POSTN促进胶原蛋白的表达

接着是做了一点点机制。关于为什么要做这个基因,正文没有说太多,只说是:①这个基因在MF中高表达;②此前已有一些报道称POSTN可以促进瘢痕组织的形成,可以促进胶原蛋白(一种ECM成分)的产生。

通过一正一反的实验就证明了MF通过POSTN促进胶原蛋白表达的结论

3.6 MF的两个子类有什么关系

3.2中,其实是把两个子类都归为MF了,这一部分就探究了它俩的关系。

3.7 其他数据集也能发现这种MF细胞

结论是其他数据集也能找到这种MF,说明纤维化皮肤病存在一种广泛的致病机制


4. ref

Single-cell RNA-seq reveals fibroblast heterogeneity and increased mesenchymal fibroblasts in human fibrotic skin diseases


(2021.10.22组会分享的文献,因为准备时间有限,就选了这一篇较简单的)

我之前有想过一个问题,对于单细胞转录组数据,两组比较之后,如果已经找出有丰度差异的亚群,接下来的重点是:
①研究这一群的特征
还是
②比较这一群里面两组之间的差异
我当时是觉得①更好,因为把这种亚群的特征研究清楚了,反映的就是组间差异(富含这种亚群的condition,也具有更明显的这种亚群的特征)。另一方面②中的比较,因为细胞注释是相同的,这样做可能得不出什么差异或者差异很小(假设虽然有丰度差异,但都有一定的细胞量)。

这篇文献的前半部分cluster之间以及condition之间的比较都得出相似的结果,跟我之前想的有点不一样...

因水平有限,有错误的地方,欢迎批评指正!

标签:MF,表达,基因,异质性,纤维细胞,转录,细胞,纤维化
来源: https://www.cnblogs.com/TOP-Bio/p/15441193.html