Linux 下安装MIMIC-IV
作者:互联网
一、在服务器上装PostgreSQL数据库
1、yum命令安装:
在这里选择系统、版本(我选择的版本是12)等等,我这里使用yum命令安装,我这里的命令是:
yum install https://download.postgresql.org/pub/repos/yum/reporpms/EL-6-x86_64/pgdg-redhat-repo-latest.noarch.rpm
yum install postgresql12
service postgresql-12 initdb
chkconfig postgresql-12 on
service postgresql-12 start
坑1-报错"Couldn’t resolve host ‘apt.sw.be’"
运行以下命令后重试
cd /etc/yum.repos.d/
mv rpmforge.repo rpmforge.repo.bak
yum clean all
yum install
2、apt-get安装PostgreSQL服务器和客户端
sudo apt-get install postgresql postgresql-client
3、PostgreSQL安装完成后默认是已经启动的
sudo /etc/init.d/postgresql start #开启
sudo /etc/init.d/postgresql stop #关闭
sudo /etc/init.d/postgresql restart #重启
4、创建数据库用户houls,并指定为超级用户
sudo -u postgres createuser --superuser username
\q退出psql
#安装git
sudo apt-get install git
#使用git下载mimic-iv
git clone https://github.com/MIT-LCP/mimic-iv.git
二、连接postgres
1、连接
psql -U txh -h localhost -p 5432 -d postgres
#刚开始每次都是这样连接的,其实倒也不用这么复杂,
psql postgres #直接就连接到默认用户 postgres,其密码默认为psql
常用的是下面这个,以houls的用户身份连接到postgres数据库,然后再在这个基础上连接创建的其他数据库
psql -U username -d postgres
2、创建数据库mimic
CREATE DATABASE mimic OWNER username;
3、连接mimic数据库
\c mimic;
4、在mimic4下创建mimic4 schema
CREATE SCHEMA mimic4;
set search_path to mimic4;
三、使用git下载的脚本文件进行创建表、载入数据集的过程
1、使用git下载的mimic-iv
脚本文件进行创建表、载入数据集
#官网直接给的样例,sql脚本文件直接默认是在当前目录,但是下载的包含sql的脚本文件的mimic-iv文件夹通常不在当前目录
psql 'dbname=mimic user=username options=--search_path=mimiciv' -f create.sql
需要修改命令,包含脚本所在目录
psql 'dbname=mimic user=username options=--search_path=mimic4' -f /home/txh/mimic-iv/buildmimic/postgres/postgres_create_tables.sql
#也就是说,postgres_create_tables.sql
文件是放在/home/t/mimic-iv/buildmimic/postgres
下的
这是官网给出的上面脚本运行成功的界面,可能会出现一些其他信息,比如删除warning什么的,都是正常。只要不是“找不到sql文件即可”
2、载入数据
psql 'dbname=mimic user=mimicuser options=--search_path=mimic4' -f postgres_load_data.sql -v mimic_data_dir='<path_to_data>'
我修改后使用,遇见了很多问题
psql 'dbname=mimic user=txh options=--search_path=mimic4' -f mimic-iv/buildmimic/postgres/load_gz.sql -v mimic_data_dir='mimiciv/0.4'
#mimic-iv/buildmimic/postgres
目录下面有好几个解压脚本,如果数据已经解压则用load.sql文件就行,如果没有解压,则用load_gz.sql
或者load_7z.sql
任意一个都可以,看装了哪个解压工具
3、也可以先解压数据,再载入数据
#先解压
unzip /home/houls/MIMIC.zip
#得到的加压文件,可以发现该解压文件里面有很多gz压缩文件,
具体是进入该解压数据集
cd /home/houls/MIMIC
然后 ls命令,就可以看到MIMIC文件夹里面的具体内容
这个时候其实不用再解压了,因为之前下载的mimic-code脚本文件里面包含载入gz压缩文件的的脚本:postgres_load_data_gz.sql
但是我之前可能因为其他错误,没有运行成功,最后的方案是先解压所有的gz文件,
gunzip *gz
然后使用postgres_load_data.sql
(这里我还使用cp把该sql文件复制到了/home/houls下)
最后执行的具体命令为:
psql 'dbname=mimic user=username options=--search_path=mimic4' -f postgres_load_data.sql -v mimic_data_dir='/home/txh/MIMIC'
数据导入成功的截图
4、建立索引
psql 'dbname=mimic user=txh options=--search_path=mimic4' -f mimic-iv/buildmimic/postgres/index.sql
5、验证数据完整性
psql 'dbname=mimic user=txh options=--search_path=mimic4' -f mimic-iv/buildmimic/postgres/constraints.sql
标签:psql,postgres,Linux,mimic,IV,MIMIC,mimic4,sql,iv 来源: https://blog.csdn.net/qq_41311259/article/details/116230938