UNITE数据库怎么用

• 首先，从UNITE官网下载数据库，得到一个压缩包
• 拿到后，要将其转化Qiime2可用的，用下面的代码就可以实现：
• 但是，我在做的时候发现，这样注释出来的有很多unassigned，所以，需要对这个库进行训练：

UNITE（https://unite.ut.ee）是一个基于网络的真菌分子鉴定数据库和序列管理环境。它的目标是形成正式的真菌条形码——核核糖体内部转录间隔区（ITS）区域，并提供所有～1,000,000公共真菌ITS参考序列。
不过，往往因为网络问题，上不去这个网。

首先，从UNITE官网下载数据库，得到一个压缩包

里面有三种数据库：

我现在也不太清楚它们的区别，这里以后再补充。

拿到后，要将其转化Qiime2可用的，用下面的代码就可以实现：

qiime tools import \
  --type 'FeatureData[Sequence]' \
  --input-path UNITEv6_sh_99_s.fasta \
  --output-path ref-seq-fungi.qza

qiime tools import \
  --type 'FeatureData[Taxonomy]' \
  --input-format HeaderlessTSVTaxonomyFormat \
  --input-path UNITEv6_sh_99_s.txt \
  --output-path ref-taxonomy-fungi.qza

这样就能得到两个文件：ref-taxonomy-fungi.qza和ref-seq-fungi.qza

可以用这两个文件，进行注释：

#分类注释vesearch （参考的数据库有两个文件时用vesearch)(一个文件时用classify-sklearn的指令）
time qiime feature-classifier classify-consensus-vsearch \
  --i-reference-reads rep-seq-fungi.qza \
  --i-query rep-seqs-dada2.qza \
  --i-reference-taxonomy ref-taxonomy-fungi.qza  --o-classification taxonomy.qza

但是，我在做的时候发现，这样注释出来的有很多unassigned，所以，需要对这个库进行训练：

#训练分类器
qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \
  --i-reference-reads rep-seq-fungi.qza \
  --i-reference-taxonomy ref-taxonomy-fungi.qza \
  --o-classifier classifier.qza

这样就可以得到训练后的库：classifier.qza，这样最后的库是只有一个文件的。可以用这个文件，进行注释：

#分类注释 （参考的数据库有一个文件时用classify-sklearn的指令）
qiime feature-classifier classify-sklearn \
  --i-classifier classifier.qza \
  --i-reads rep-seqs-dada2.qza \
  --o-classification taxonomy.qza

然后就可以接着往下分析了。

标签：怎么,--,taxonomy,数据库,UNITE,fungi,qza,ref,classifier
来源： https://blog.csdn.net/Lincoln_redwine/article/details/115661665